소매업을 하는 법인인데, 면세 매출만 있을 경우 매입해온 상품에 대한 세금계산서를 과세 처리해도 되는지에 대해 질문합니다.

면세 매출만 있는 법인에서 매입한 상품에 대한 세금계산서를 과세 처리하는 것은 원칙적으로 불가합니다.

면세사업자는 부가가치세 납세 의무가 면제되므로, 면세 매출과 관련된 매입세액은 공제받을 수 없습니다. 즉, 과세 매입을 했더라도 해당 매입이 면세 매출을 위한 것이라면 매입세액을 환급받거나 공제받을 수 없습니다. 만약 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우라면, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 면세 공급가액을 총 공급가액으로 나눈 비율에 따라 안분계산해야 합니다. 이는 부가가치세법 시행령 제81조에 근거합니다.

다만, 사업자 등록 전 거래분에 대해 주민등록번호로 발급된 세금계산서 대신 사업자 등록 후 사업자등록번호로 발급된 세금계산서를 수취한 경우, 거래 사실이 확인되고 법정신고기한 내 신고가 이루어졌다면 '사실과 다른 세금계산서'로 보아 매입세액을 불공제하는 것은 잘못된 처분이라는 판례가 있습니다 (국심 2004중2194, 2005.3.24.).