전자세금계산서 발급세액공제는 부가가치세 납부세액이 발생한 경우에만 적용되며, 환급이 발생하는 경우에는 공제가 불가능합니다. 즉, 공제받을 세액이 납부할 세액을 초과하는 경우 그 초과하는 부분에 대해서는 공제받을 수 없습니다.
전자세금계산서 발급세액공제는 부가가치세법 제47조 제2항에 따라, 공제받을 금액이 해당 과세기간의 납부할 세액을 초과하면 그 초과하는 부분은 없는 것으로 간주됩니다. 따라서 환급이 발생하는 경우에는 이 세액공제를 적용받을 수 없습니다.