월세 세액공제는 주택자금 관련 공제 항목 중 하나이므로, 다른 주택자금 관련 공제와 중복하여 적용받을 수 없습니다. 따라서 월세 세액공제를 선택하면 주택임차차입금 원리금 상환액 공제, 장기주택저당차입금 이자상환액 공제, 주택마련저축 소득공제 등은 받을 수 없습니다. 이 중 본인에게 더 유리한 공제 항목을 선택하여 적용받으셔야 합니다.
만약 월세 세액공제 요건을 충족하지 못하는 경우, 월세액에 대해 현금영수증을 발급받아 신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제를 적용받을 수 있습니다. 다만, 월세액 세액공제와 신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제 역시 중복 적용은 불가하며 둘 중 하나만 선택해야 합니다.