개인사업자가 여러 사업장을 운영하는 경우, 각 사업장마다 별도의 사업자등록번호가 있다면 원칙적으로 해당 사업자등록번호별로 각각 공동인증서를 발급받아야 합니다.
이는 전자세금계산서 발급 및 관련 업무 처리를 위해 각 사업장의 고유한 정보를 바탕으로 인증이 이루어져야 하기 때문입니다. 따라서 사업장마다 별도의 공동인증서를 발급받아 관리해야 합니다.
다만, 사업자단위과세제도를 적용받는 경우에는 주사무소 관할 세무서장에게 등록함으로써 하나의 공동인증서로 여러 사업장의 전자세금계산서를 발급할 수 있습니다. 이 제도를 적용받는지 여부에 따라 공동인증서 발급 및 관리 기준이 달라질 수 있습니다.