협동조합 설립 과정에서 발생하는 비용은 창립총회 의결을 거쳐 법인의 손익으로 처리할 수 있습니다. 설립 전 지출된 비용에 대해서는 적격 증빙을 수취하여 법인 설립 후 설립준비비용으로 상환받을 수 있으며, 이 경우 출자금으로 현금 보상하거나 협동조합의 차입금으로 처리하는 방법 등을 선택할 수 있습니다.
또한, 설립 전 지출한 부가가치세는 사업자등록 신청 시점에 따라 환급이 가능할 수 있습니다. 구체적으로는 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 사업자등록을 신청한 경우, 등록 신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 매입세액은 공제가 가능합니다. 다만, 적격 증빙 수취가 필수적입니다.