연말정산 담당자로서 중도퇴사자 및 종전 근무 내역이 있는 중도입사자의 연말정산 처리 방법과 소속 기관 변경으로 인한 전입/전출 직원의 연말정산 처리 방법에 대해 알려주세요.

2026. 3. 7.

연말정산 담당자로서 중도퇴사자 및 종전 근무 내역이 있는 중도입사자, 그리고 소속 기관 변경으로 인한 전입/전출 직원의 연말정산 처리에 대해 안내해 드리겠습니다.

1. 중도퇴사자의 연말정산 처리 방법

정산 시기: 중도퇴사자는 퇴직하는 달의 급여를 지급하는 때에 연말정산을 실시합니다. 만약 퇴직월 급여 지급 시 연말정산을 하지 못한 경우, 퇴직 후 다음 해 5월 종합소득세 신고 기간에 근로자 본인이 직접 신고해야 합니다.
정산 내용: 퇴직일까지의 근로소득을 기준으로 연말정산을 진행하며, 이때 근로소득공제, 각종 세액공제 및 감면 등을 적용합니다.
필요 서류: 중도퇴사자의 경우, 연말정산 시 근로소득 원천징수영수증을 발급받아 보관해야 합니다. 이는 추후 종합소득세 신고 시 필요할 수 있습니다.

2. 종전 근무 내역이 있는 중도입사자의 연말정산 처리 방법

합산 신고: 연도 중에 퇴사 후 재입사한 직원은 현 직장에서 전 직장(종전 근무지)의 근로소득을 합산하여 연말정산을 해야 합니다. 이는 연말정산 시 과소 납부를 방지하고 가산세 부과를 피하기 위함입니다.
필수 서류: 종전 근무지의 '근로소득 원천징수영수증'을 반드시 제출받아야 합니다. 이 서류에는 총 급여액, 기납부세액 등 연말정산에 필요한 모든 정보가 포함되어 있습니다.
처리 절차:
1. 직원으로부터 종전 근무지의 근로소득 원천징수영수증을 제출받습니다.
2. 현 직장의 연말정산 시스템에 종전 근무지의 소득 및 세액 정보를 입력합니다.
3. 종전 근무지 소득과 현 직장 소득을 합산하여 최종 연말정산을 진행합니다.
4. 중소기업 취업자 감면 등 종전 근무지에서 적용받던 감면 혜택이 있다면, 현 직장에서 계속 적용 가능한지 확인하고 관련 서류를 제출받아 처리합니다.
주의사항: 만약 직원이 종전 근무지 자료 제출을 거부할 경우, 현 직장에서는 현 직장 소득만으로 연말정산을 하되, 직원에게 5월 종합소득세 신고 시 반드시 합산하여 신고해야 함을 안내해야 합니다. 이 경우 발생하는 가산세 책임은 직원 본인에게 있습니다.

3. 소속 기관 변경으로 인한 전입/전출 직원의 연말정산 처리 방법

전출자: 소속 기관에서 다른 기관으로 전출하는 직원의 경우, 전출일까지의 근로소득에 대해 연말정산을 실시합니다. 전출 시 근로소득 원천징수영수증을 발급하여 전출자에게 교부합니다.
전입자: 다른 기관에서 전입해 온 직원의 경우, 전입자의 전입 전 근무지 소득을 합산하여 연말정산을 진행해야 합니다. 이는 중도입사자의 경우와 유사하게 처리됩니다. 전입자의 전 근무지에서 발급한 근로소득 원천징수영수증을 제출받아 합산 신고합니다.
합산 연말정산: 본지점 간 전출입, 관계회사 간 전출입 등 소속 기관 변경으로 인해 근로자가 현 근무지에 계속 취업하는 경우, 원천징수 의무자는 반드시 전 근무지의 소득을 합산하여 연말정산을 수행해야 합니다. 이때 전 근무지의 소득자별 원천징수부를 확인하고, 기납부세액은 전 근무지에서 중도퇴사 연말정산을 수행한 경우 '결정세액'으로 처리합니다.

이러한 절차들을 정확히 이행하여 연말정산 업무를 처리하시기 바랍니다.