영리기관에서 연구개발비 집행 시 부가가치세를 포함하여 처리할 수 있는 구체적인 경우는, 부가가치세 신고 시 해당 연구개발비 집행분을 '공제받지 못할 매입세액'으로 신고하는 경우입니다.
이 경우, 부가가치세를 포함한 총 집행 금액이 연구개발비로 인정될 수 있으며, 이에 따라 연구 기간 내 매 분기별 부가가치세 신고서 사본과 구입 건별 리스트를 제출해야 합니다.
일반적으로 영리기관은 환급받는 부가가치세를 제외한 공급가액만을 연구개발비로 인정받는 것이 원칙입니다. 따라서 부가가치세를 포함하여 처리하기 위해서는 위와 같은 별도의 신고 절차가 필요합니다.