특수관계인 간 합병 시 부당행위계산부인이 적용되는 대표적인 사례는 다음과 같습니다.
불공정한 합병 비율 적용: 합병 시 주식 등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병하는 경우, 이는 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 가목에 따라 부당행위계산으로 간주될 수 있습니다. 이 경우 합병으로 인해 이익을 분여받은 주주에게 법인세가 과세될 수 있습니다.
주주 간 특수관계 존재: 부당행위계산부인 규정을 적용하기 위해서는 합병등기일 현재 이익을 분여하거나 분여받는 합병당사법인의 주주 간에도 특수관계가 성립되어야 합니다. 다만, 동일 법인이 합병법인과 피합병법인의 주식을 동시에 보유하고 있는 경우에는 본인이 본인에게 이익을 분여하는 것으로 보아 부당행위계산부인이 적용되지 않을 수 있습니다.
영업권 평가: 합병 시 피합병법인의 영업권을 과도하게 평가하여 합병대가에 포함시키는 경우, 해당 영업권 가액이 세법상 인정되는 요건을 충족하지 못하면 부당행위계산으로 간주될 수 있습니다. 영업권의 가액은 합병의 경위, 동기, 사업 현황 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 평가되어야 합니다.
이러한 부당행위계산부인은 거래 당사자 간의 경제적 연관관계 또는 경영지배관계를 고려하여 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 적용됩니다. 또한, 합병으로 인한 이익 분여액이 일정 기준(예: 3억원 이상 또는 주식 1주당 평가차액 30% 이상)을 초과하는 경우에 상속세 및 증여세법상 부당행위계산 부인 규정이 적용될 수 있습니다.