법인세 납부 시 본점과 지점이 모두 있는 경우, 법인세는 일반적으로 본점 소재지 관할 세무서에 본지점을 통합하여 신고 및 납부해야 합니다. 다만, 본점과 지점 간에 독립적인 회계 처리가 이루어지고 있다면, 법인세를 안분하여 본점과 지점 간에 주고받는 방식으로 처리할 수 있습니다. 이 경우에도 최종적인 법인세 신고 및 납부는 본점 관할 세무서에서 통합하여 이루어집니다.
만약 지점에서 납부해야 할 세액을 본점에서 대신 납부하고 지점으로부터 돈을 입금받는 방식은 내부적인 자금 처리 방식이며, 법인세 신고 및 납부 의무 자체는 법인 전체에 귀속됩니다. 따라서 어느 곳에서 납부하든 법인 전체의 세액을 정확히 신고하고 납부하는 것이 중요합니다.