정부기금사업을 하는 기관이 다른 기관에 제공한 용역의 과세 여부는 다음과 같습니다:
재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 않는 국고보조금이나 공공보조금은 부가가치세 과세표준에 포함하지 않습니다.
그러나 국고보조금을 지급받은 자가 재화나 용역을 공급받고, 그 국고보조금을 재원으로 대가를 지급하는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함됩니다.
정부 또는 정부의 위임을 받은 기관과 기술개발협약을 체결하고 국가연구개발사업출연금을 받아 기술개발을 수행하는 경우, 개발된 지적소유권 등을 사업자에게 귀속시키는 경우의 출연금은 부가가치세 과세표준에서 제외됩니다.
따라서 정부기금사업의 성격과 용역 제공의 구체적인 내용에 따라 과세 여부가 결정됩니다. 정확한 판단을 위해서는 해당 사업의 구체적인 내용과 계약 조건을 검토해야 합니다.