건물 매매 계약서에 부가가치세(부가세) 별도 표기가 있는 경우, 이는 매매 대금 외에 부가가치세가 추가로 발생함을 의미합니다.
일반적으로 사업용 건물을 매매할 때, 건물 가액에 대해 10%의 부가가치세가 과세됩니다. 계약서에 '부가세 별도'라고 명시되어 있다면, 계약된 건물 가액에 부가가치세 10%를 더한 금액을 총 매매 대금으로 지급해야 합니다.
매수인이 일반과세자인 경우, 이 추가로 납부한 부가가치세는 추후 매입세액공제를 통해 환급받을 수 있습니다. 그러나 매수인이 간이과세자이거나 면세사업자인 경우에는 부가가치세를 공제받거나 환급받을 수 없으므로, 이 경우 부담한 부가가치세는 건물 취득가액에 포함됩니다.
매도인이 간이과세자인 경우에는 건물 가액의 3%를 부가가치세로 납부해야 하며, 세금계산서 발행이 불가하므로 매수인은 별도로 부가가치세를 지급하지 않아도 됩니다.
만약 계약서에 부가가치세에 대한 별도 언급이 없고 '포괄양수도' 계약으로 진행되는 경우에는 부가가치세가 과세되지 않습니다. 포괄양수도는 사업의 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것으로, 재화의 공급으로 보지 않아 부가가치세가 발생하지 않습니다.