네, 법인이 특수관계자인 다른 법인에게 자금을 대여하고 이자를 받는 경우, 해당 이자소득은 원천징수 대상이 될 수 있습니다.
법인세법 제73조에 따르면, 내국법인에게 이자소득을 지급하는 자는 원천징수의무를 부담합니다. 여기서 이자소득은 「소득세법」 제16조에 따른 이자소득을 의미하며, 특히 「소득세법」 제16조 제1항 제12호의 '비영업대금의 이익'에 해당하는 경우 법인세법 제73조 제1항 단서에 따라 100분의 25의 세율로 원천징수해야 합니다.
특수관계자인 법인 간의 자금 대여 및 이자 지급 역시 이러한 규정이 적용될 수 있습니다. 다만, 이자소득의 수입 시기, 원천징수 대상에서 제외되는 경우 등 구체적인 내용은 관련 법령 및 예규, 판례 등을 종합적으로 검토해야 합니다.