세무대리인이 부가가치세 신고를 잘못한 경우에도, 원칙적으로 납세자 본인이 해당 신고 내용에 대한 최종적인 책임을 부담하게 됩니다. 즉, 세무대리인의 과실로 인해 잘못 신고되었더라도, 납세자는 수정신고를 통해 바로잡아야 하며, 이로 인해 발생하는 가산세 등은 납세자가 부담해야 할 수 있습니다.
다만, 세무대리인의 명백한 과실로 인해 손해가 발생한 경우, 납세자는 세무대리인을 상대로 민사상 손해배상 책임을 물을 수 있습니다. 이 경우, 세무대리인과의 계약 내용, 과실의 정도 등을 종합적으로 고려하여 책임 범위가 결정될 수 있습니다.
세무대리인의 잘못된 신고로 인해 초과 환급받은 세액이 있는 경우, 이를 수정신고하고 납부해야 합니다. 만약 세무대리인의 과실로 인해 신고불성실가산세나 납부지연가산세가 발생했다면, 납세자는 세무대리인에게 해당 가산세에 대한 책임을 물어 구상할 수 있습니다. 그러나 관할 세무서에서는 세무대리인에게 직접적인 행정적 제재를 가하기보다는, 납세자가 최종적으로 세금 납부 의무를 이행하도록 합니다.