지목 변경으로 인한 취득세 납세의무는 원칙적으로 해당 토지의 사실상 소유자에게 있습니다. 실질과세 원칙은 과세 대상이 되는 재산의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때 적용됩니다. 따라서 지목 변경으로 인한 취득세 납세의무 역시 이러한 원칙에 따라 사실상 소유자에게 부과될 수 있습니다.
예를 들어, 명의신탁된 토지의 경우 공부상 소유자가 아닌 실질적인 소유자에게 취득세 납세의무가 발생할 수 있습니다. 또한, 신탁 관계에서 위탁자와 수탁자 간의 관계를 명확히 하여 실질적인 소유권의 귀속을 판단하는 경우에도 실질과세 원칙이 적용될 수 있습니다.