자산조정계정은 해당 자산의 처분 시점에 추인됩니다. 만약 자산조정계정이 감가상각자산에 설정된 경우, 감가상각비와 상계되거나 감가상각비에 가산되는 방식으로 처리되며, 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입됩니다. 감가상각자산 외의 자산에 설정된 자산조정계정은 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입됩니다. 다만, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 않고 소멸됩니다.
또한, 적격합병 시 자산조정계정은 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 자산의 시가와 장부가액의 차이를 조정하는 역할을 합니다. 이 차액이 양수도 시점의 시가보다 장부가액이 큰 경우(음수 자산조정계정)에는 합병법인의 익금에 산입하고, 시가보다 장부가액이 작은 경우(양수도 시점의 시가에서 피합병법인의 장부가액을 뺀 금액이 0보다 큰 경우)에는 익금에 산입하고 자산조정계정으로 손금에 산입합니다. 이러한 자산조정계정은 향후 감가상각 시 또는 자산 처분 시점에 세무상으로 조정되어 과세이연 효과를 가져옵니다.