매입세액 공제 시 전자세금계산서에 종사업장 번호가 누락되더라도 원칙적으로 매입세액 공제에 문제가 발생하지는 않습니다. 종사업장 번호는 세금계산서의 필요적 기재사항이 아니기 때문입니다.
다만, 사업자 단위 과세 사업자의 경우 각 종사업장별로 정확한 세금계산서 관리를 위해 종사업장 번호를 기재하는 것이 원칙입니다. 만약 종사업장 번호 누락으로 인해 거래 사실 확인에 어려움이 있거나, 사업장별 매출·매입 관리의 혼란이 발생할 경우 간접적인 불이익이 있을 수 있습니다. 예를 들어, 부가가치세 신고 시 종사업장 명세서 제출이 요구될 수 있으며, 이때 정확한 정보 제출이 중요합니다.