한국도로공사에 납부하신 통행료는 부가가치세 매입세액 공제 대상에 해당하지 않습니다. 한국도로공사는 부가가치세가 면제되는 '정부업무를 대행하는 단체'에 해당하므로, 한국도로공사에서 발행하는 통행료 영수증에는 부가가치세가 별도로 기재되어 있지 않아 세금계산서로 인정받을 수 없습니다.
다만, 한국도로공사 외의 사업자(민자 고속도로 등)가 운영하는 고속도로의 통행료는 부가가치세가 과세됩니다. 이러한 경우, 해당 통행료에 대해 세금계산서를 발급받거나 부가가치세가 별도로 기재된 신용카드 매출전표를 수취하였다면 매입세액 공제가 가능합니다. 이 경우, 각 민자 고속도로 운영 사업체에 사업자등록증 사본, 전자카드 사본 등 필요한 서류를 제출하여 세금계산서 발급을 신청해야 합니다.