구매확인서 발급 시 공급가액과 세금계산서 공급가액이 다른 경우, 해당 재화가 구매확인서에 따라 공급된 것임이 확인되면 영세율 적용이 가능합니다. 만약 당초 일반세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고·납부한 경우, 구매확인서 발급 후 해당 과세기간에 대해 경정청구 또는 수정신고를 통해 영세율 적용을 받을 수 있습니다.
만약 착오로 인해 공급가액이 잘못 기재된 경우에는 수정세금계산서를 발급해야 합니다. 예를 들어, 공급가액 1,000만원(세액 100만원)으로 잘못 기재한 경우, 처음 발급분에 대한 (-)수정세금계산서 1장(공급가액 -1,000만원, 세액 -100만원)과 정확하게 작성한 세금계산서 1장(공급가액 100만원, 세액 10만원)을 발급해야 합니다.