가족에게 지급한 급여가 부당행위계산부인 규정에 따라 부인될 경우, 해당 급여는 법인의 비용으로 인정받지 못하게 됩니다. 이는 법인의 소득금액을 증가시켜 법인세 부담을 늘리게 됩니다.
또한, 부인된 급여는 지급받은 가족에게 상여, 배당 또는 기타소득 등으로 소득 처분되어 해당 가족에게 추가적인 소득세가 부과될 수 있습니다. 예를 들어, 대표이사의 상여로 처분될 경우 원천징수 의무가 발생하며, 대표이사는 해당 소득에 대한 종합소득세를 납부해야 합니다.
이러한 부당행위계산부인은 실제 근무 실체가 없거나, 급여 수준이 사회 통념상 합리적인 범위를 벗어나거나, 객관적인 증빙이 부족한 경우에 주로 적용됩니다. 따라서 가족에게 급여를 지급할 경우에는 반드시 실제 근무 여부, 합리적인 급여 수준, 근로계약서 작성, 급여 이체 내역 등 객관적인 증빙을 철저히 갖추는 것이 중요합니다.