근로소득 연말정산 시 일부만 공제받은 보장성 보험료에 대한 종합소득세 신고 처리는 다음과 같습니다:
연말정산 재정산: 근로소득에 대해 소득금액변동통지서를 받은 날의 다음달 10일까지 연말정산을 재정산하여 원천징수 후 신고 및 납부해야 합니다.
종합소득세 확정신고: 소득자는 원천징수의무자의 연말정산 재정산과 관계없이 소득금액변동통지서를 받은 날 다음 다음달 말일까지 종합소득세 확정신고 및 납부를 해야 합니다.
추가 공제 신청: 연말정산 시 누락된 보장성 보험료 공제 항목이 있다면 종합소득세 신고 시 추가로 신고할 수 있습니다.
세액 조정: 추가 공제로 인해 환급받을 세액이 발생할 경우, 종합소득세 신고 시 이를 반영하여 세액을 조정받을 수 있습니다.
주의할 점은 근로소득 외 다른 종합소득이 있는 경우에도 위의 절차를 따라야 하며, 정확한 처리를 위해 필요시 세무전문가의 조언을 받는 것이 좋습니다.