성실신고확인 후 수정신고 시 세액공제 추징에 대한 서면-2017-법령해석소득-1146 및 법령해석과-1880에 따르면, 성실신고확인비용에 대한 세액공제 및 추징은 개인별로 적용됩니다.
만약 성실신고확인대상 사업소득금액을 과소 신고하여 수정신고(경정)한 경우, 그 과소 신고한 사업소득금액이 경정된 사업소득금액의 100분의 10 이상에 해당하면 성실신고세액공제액 전액이 추징됩니다.
또한, 이러한 세액공제액을 추징받은 사업자에 대해서는 경정일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도부터 3개 과세연도 동안 성실신고확인비용에 대한 세액공제가 배제됩니다.
질의하신 내용과 같이 공동사업장과 단독사업장을 함께 운영하는 경우, 단독사업장의 사업소득금액을 과소 신고하여 수정신고하고 그 과소 신고 금액이 경정된 사업소득금액의 100분의 10 이상에 해당하게 되면, 공동사업장에서 받은 성실신고 세액공제 역시 추징 대상이 될 수 있습니다. 이는 '경정된 사업소득금액'이 공동사업장과 단독사업장의 소득을 합산한 금액이 아니라, 각 사업장에서의 신고 내용이 개별적으로 확인 및 경정된 후 합산된 종합소득세 신고에 반영되는 결과로 이해해야 하기 때문입니다.