아니요, 2번 직장의 연말정산만 제외하고 진행할 수는 없습니다. 연말정산은 해당 과세기간(1월 1일부터 12월 31일까지) 동안 발생한 모든 근로소득을 합산하여 진행해야 합니다.
귀하의 경우, 1번 직장에서의 근로소득, 2번 직장에서의 근로소득, 그리고 3번 직장에서의 근로소득을 모두 합산하여 연말정산을 해야 합니다. 2번 직장에서의 연말정산을 제외하고 진행할 경우, 소득이 누락되어 추후 종합소득세 신고 시 가산세가 부과되거나 직접 신고해야 하는 번거로움이 발생할 수 있습니다.
따라서 1번 직장에서 퇴사 시 받은 근로소득 원천징수영수증과 2번 직장에서의 근로소득 원천징수영수증을 3번 직장에 제출하여, 3번 직장에서 전 근무지 소득을 합산하여 연말정산을 진행하시는 것이 올바른 절차입니다.