국세청에서 확인한 근로소득 지급명세서 중 갑종근로소득에 대한 소득세원천징수확인서의 세액과 동일한 하나만 선택하면 되는 건가요?

네, 맞습니다. 국세청에서 확인하신 근로소득 지급명세서 중 '갑종근로소득에 대한 소득세원천징수확인서'에 기재된 세액은 이미 납부하신 세금(기납부세액)으로 간주하시면 됩니다.

원천징수는 소득을 지급하는 자가 소득자 대신 세금을 미리 징수하여 납부하는 제도입니다. 근로소득의 경우, 회사는 급여 지급 시 소득세를 원천징수하고, 연말정산을 통해 최종 세액을 확정하여 납부하게 됩니다. 따라서 해당 원천징수영수증에 기재된 세액은 이미 납부하신 금액이므로, 종합소득세 신고 시 기납부세액으로 반영됩니다.