소득세 또는 법인세가 과세되지 않거나 면제되는 소득: 법령에 따라 세금이 부과되지 않거나 면제되는 소득은 원천징수 대상에서 제외됩니다.
과세 최저한 적용 기타소득금액: 건별 기타소득금액이 5만원 이하와 같이 소득세법상 과세 최저한에 해당하는 경우에는 원천징수하지 않습니다.
원천징수 배제 사유 발생 시: 원천징수 대상 소득을 지급하면서 원천징수를 하지 않았더라도, 해당 소득자가 이미 종합소득 또는 법인세 과세표준에 합산하여 신고했거나 과세관청에서 소득세를 부과·징수한 경우에는 원천징수가 배제됩니다. 다만, 이 경우에도 원천징수 의무자는 지급명세서를 제출해야 하며, 미제출 시 가산세가 부과될 수 있습니다.
소액부징수: 원천징수할 세액이 1,000원 미만인 경우에는 원천징수를 하지 않는 것이 원칙입니다. 다만, 2024년 7월 1일부터는 거주자에게 지급되는 이자소득 및 인적용역 사업소득의 경우, 원천징수세액이 1,000원 미만이더라도 원천징수를 해야 하는 것으로 변경되었습니다.
이러한 경우 외에도 특정 법령이나 조세조약에 따라 원천징수가 면제되거나 배제될 수 있습니다.