적격물적분할 시 시가 승계 방식은 다음과 같은 문제점을 가집니다.
해외 입법례 및 다른 적격 구조조정 방식과의 차이: 다른 국가의 법인세법이나 국내의 적격 합병, 적격 인적분할 등 다른 적격 구조조정 방식에서는 일반적으로 자산·부채를 장부가액으로 승계하는 것과 달리, 적격물적분할에서는 자산을 시가로 승계하면서 압축기장충당금을 설정하는 방식이 적용됩니다. 이는 세무상 장부가액과 회계상 장부가액 간의 차이를 발생시켜 향후 감가상각 시 손금 인정 범위를 제한하는 결과를 초래할 수 있습니다.
세무상 장부가액과 회계상 장부가액의 불일치: 시가로 승계한 자산에 대해 압축기장충당금을 설정하면, 분할신설법인은 해당 자산을 세무상 시가로 인식하지만, 향후 감가상각비 손금 인정은 장부가액만큼만 가능하게 됩니다. 이는 결국 장부가액에 해당하는 금액만이 손금으로 인정되어 세무상 장부가액과 회계상 장부가액이 일치하지 않는 상황을 야기합니다.
경직적인 요건: 현행 법인세법상 적격분할 요건은 사업 활동과의 본질적 관련성을 폭넓게 따지지 않고 기본적으로 승계 대상에서 제외하는 등 다소 경직적이라는 지적이 있습니다. 비교법적으로는 추상적·포괄적으로 요건을 규정하고 조세회피는 일반적 조세회피방지 규정으로 규율하는 입법 방식과 차이가 있습니다.