종교인소득에 대한 원천징수 의무는 소득을 지급하는 종교단체가 가집니다.
종교단체는 소속 종교인에게 종교인소득을 지급할 때, 「종교인소득 간이세액표」 또는 「근로소득간이세액표」에 따라 계산된 세액을 원천징수하여야 합니다. 원천징수한 세액은 해당 월의 다음 달 10일까지 관할 세무서에 납부해야 합니다. 다만, 종교단체가 반기별 납부를 신청하여 승인받은 경우에는 1년에 두 번(7월 10일, 다음 해 1월 10일) 납부할 수 있습니다.
만약 종교단체가 원천징수를 하지 않는 경우, 종교인 본인이 직접 다음 해 5월에 종합소득세 확정신고를 해야 합니다.
