복식부기 의무자가 여러 사업장을 운영하는 경우, 중소기업특별세액감면 적용은 사업장별로 다르게 적용될 수 있습니다.
결론적으로, 복식부기 의무자가 여러 사업장을 운영하면서 일부 사업장은 복식부기로 기장하여 신고하고, 다른 일부 사업장은 추계 신고하는 경우, 추계 신고한 사업장에 대해서는 중소기업특별세액감면이 배제됩니다. 다만, 복식부기로 기장하여 신고한 사업장에 대해서는 감면 적용이 가능합니다.
이는 국세청 유권해석(기준-2023-법무소득-0133, 2023.09.26)을 통해 명확해졌습니다. 이전에는 복식부기 의무자가 일부 사업장을 추계 신고할 경우 전체 사업장에 대한 감면이 배제될 수 있다는 해석도 있었으나, 현재는 추계 신고한 사업장에 한해서만 감면이 배제되는 것으로 정리되었습니다.
따라서 복식부기 의무자는 각 사업장의 신고 방식(복식부기 기장 또는 추계 신고)에 따라 중소기업특별세액감면 적용 여부가 달라지므로, 정확한 세무 상담을 통해 신고 계획을 수립하는 것이 중요합니다.