부가가치세 신고서와 실제 분개 간의 차이가 발생하는 경우, 특히 매입세액이 불공제되는 금액에 대해서는 일반적으로 세금과공과 계정을 사용합니다. 하지만 해당 불공제되는 매입세액이 특정 계정과목과 관련이 있다면, 해당 계정과목(예: 접대비, 차량유지비 등)에 포함하여 처리할 수도 있습니다. 실무적으로는 분기 또는 반기에 걸쳐 각 계정과목으로 대체하여 처리하는 것이 일반적입니다.
만약 불공제되는 매입세액이 자산 관련 비용이라면, 해당 자산의 취득원가에 포함시킨 후 감가상각을 통해 비용 처리할 수 있습니다.