중소기업 특별세액감면(이하 중특감면) 적용 시, 감면 대상 업종을 영위하는 사업장에서 발생한 결손금이 있는 경우 해당 결손금을 다른 사업장의 소득에서 차감한 후 남은 소득에 대해 감면세액을 계산해야 합니다.
즉, 사업소득이 마이너스(-)로 표시되는 경우, 해당 사업장에서 발생한 결손금은 다른 감면 대상 사업장의 소득과 통산하여 감면 대상 소득을 산정하게 됩니다. 따라서 결손금이 발생한 사업장 자체만으로는 중특감면을 적용받을 수 없으나, 다른 사업장에서 발생한 이익과 통산한 후의 소득에 대해 감면율을 적용하여 세액을 계산하게 됩니다.
이는 여러 사업을 겸영하는 경우, 특정 사업장의 결손금을 다른 사업장의 소득에서 차감하지 않고 감면세액을 과다하게 계산하는 것을 방지하기 위함입니다. 관련 예규 및 판례에서도 이러한 원칙을 따르고 있습니다.