종합소득세 신고 시 근로소득공제는 근로소득자 본인에게 1회만 적용되는 공제이므로, 두 곳 이상의 회사에서 근로소득이 발생했더라도 근로소득공제는 합산하여 1회만 적용됩니다. 즉, 여러 근로소득을 합산한 총급여액을 기준으로 근로소득공제가 계산됩니다.
종합소득세 신고는 1년간 발생한 모든 소득을 합산하여 신고하는 것이 원칙입니다. 따라서 두 곳 이상의 회사에서 근로소득이 발생한 경우, 해당 근로소득을 모두 합산하여 종합소득세 신고를 해야 합니다. 연말정산을 이미 했더라도, 다른 종합소득(사업소득, 연금소득, 기타소득 등)이 있다면 합산하여 신고해야 합니다.
만약 근로소득만 있고 두 군데 이상에서 근무하여 연말정산을 합산하지 않았다면, 5월 종합소득세 신고 시 이를 합산하여 신고해야 합니다. 이 과정에서 누락된 공제항목을 반영하여 환급이 발생할 수도 있습니다.
홈택스에서 종합소득세 신고 시, '근로소득자 신고서' 메뉴에서 '정기신고작성'을 선택하신 후, '근무지별 소득명세' 항목에서 각 근무지의 소득을 입력하고 합산하여 신고하시면 됩니다. 연말정산을 했던 최종 근무지의 자료를 불러온 후, 종전 근무지의 근로소득 지급명세서 내용을 직접 입력하거나 불러와서 합산 신고할 수 있습니다.