특수관계자 간 특허권을 무상으로 양도받는 경우, 양수받는 법인은 자산수증이익이 발생하여 법인세가 과세될 수 있습니다. 또한, 특수관계자 간의 거래이므로 세법에서는 시가를 기준으로 거래가액을 평가하는 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있습니다. 이 경우, 양도받은 특허권의 시가에 해당하는 금액만큼 법인세가 과세될 수 있습니다.
한편, 특허권의 양도는 재화의 공급으로 간주되어 부가가치세가 과세될 수 있습니다. 무상으로 양도하더라도 그 시가를 과세표준으로 하여 부가가치세가 부과될 수 있습니다.