네, 복식부기 의무자가 여러 사업장을 운영하면서 일부 사업장은 기장하고 다른 사업장은 기장하지 않은 경우, 기장한 사업장에 대해서는 중소기업특별세액감면을 적용받을 수 있습니다.
이는 다수의 사업장을 운영하는 복식부기 의무자가 일부 사업장의 종합소득 과세표준을 추계하여 신고하는 경우, 추계 신고한 해당 사업장에 한하여 세액감면이 배제된다는 국세청 유권해석(기준-2023-법무소득-0133, 2023.09.26.)에 따른 것입니다. 따라서 기장하여 신고한 A 사업장은 중소기업특별세액감면 대상 업종을 영위하고 있다면 감면 혜택을 받을 수 있습니다.