사업 양도 후 양수받은 사업자가 매입한 것에 대한 부가가치세 환급은 원칙적으로 사업을 양수한 사업자(양수인)가 직접 신고하고 환급받아야 합니다. 사업의 포괄적 양도에 해당하는 경우, 사업의 동일성이 유지되므로 양수인이 사업을 계속 영위하는 것으로 보아 매입세액 공제가 가능합니다.
다만, 사업의 포괄적 양도 요건을 충족하지 못하거나, 양도인이 잘못 신고하는 경우 문제가 발생할 수 있습니다. 만약 사업 양도인이 양수인의 매입세액까지 포함하여 신고하고 환급받는다면, 이는 부가가치세법상 올바른 절차가 아니며 추후 가산세 등의 불이익이 발생할 수 있습니다.
따라서 사업 양수인은 사업 양도일이 속하는 과세기간의 부가가치세 신고 시, 본인이 매입한 부분에 대한 매입세액을 직접 공제받아야 합니다. 만약 사업 양도인이 양수인의 매입세액을 잘못 신고했다면, 양수인은 수정신고 등을 통해 바로잡아야 합니다.