개별소비세법 제1조 제2항 제3호에 따른 자동차(이하 '비영업용 소형승용자동차')의 경우, 부가가치세 매입세액 공제가 되지 않는 이유는 해당 차량의 구입, 임차 및 유지에 관련된 비용이 사업과 직접적으로 관련이 없는 지출로 간주되기 때문입니다.
부가가치세법 제39조 제1항 제5호에서는 '개별소비세법 제1조제2항제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액'은 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정하고 있습니다.
이는 비영업용 소형승용자동차의 경우, 사업 운영에 필수적인 요소라기보다는 개인적인 용도나 사업과 직접적인 관련성이 적은 지출로 보기 때문입니다. 따라서 이러한 차량의 구입, 임차, 유지보수 등에 사용된 비용에 포함된 부가가치세는 매입세액으로 공제받을 수 없습니다. 다만, 운수업, 자동차 판매업 등 해당 차량을 직접 영업에 사용하는 경우에는 예외적으로 매입세액 공제가 가능합니다.