보조금 수입의 과세 대상 여부는 해당 보조금이 재화 또는 용역의 공급과 직접적으로 관련되는지 여부에 따라 판단됩니다.
과세표준에 포함되지 않는 경우: 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 않는 국고보조금 및 공공보조금은 부가가치세 과세표준에 포함되지 않습니다.
과세표준에 포함되는 경우: 재화 또는 용역의 공급과 직접적으로 관련된 보조금은 과세표준에 포함될 수 있습니다. 이 경우, 보조금 지급 근거 규정, 사업자·지방자치단체·거래상대방 간의 약정 내용, 구체적인 대금 지급 방법 등 제반 사실관계를 종합적으로 고려하여 판단해야 합니다.
또한, 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액은 원칙적으로 매출세액에서 공제받을 수 있습니다. 다만, 사업과 직접 관련이 없는 지출이나 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역과 관련된 매입세액 등은 공제받을 수 없습니다.