면세사업자가 부가가치세 대리납부 의무를 부담하는 경우는, 국내 사업장이 없는 국외사업자로부터 과세 대상 용역이나 권리를 공급받아 이를 과세사업에 사용하지 않는 경우입니다.
일반적으로 부가가치세 대리납부 제도는 국내에 사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인으로부터 용역 등을 공급받는 자가 그 대가를 지급하는 때에 부가가치세를 대신 징수하여 납부하는 제도입니다. 이는 주로 면세사업자나 비영리법인과 같이 매입세액 공제가 불가능한 사업자가 국외사업자로부터 용역 등을 공급받아 국내에서 소비할 때, 소비세적 성격을 지닌 부가가치세를 부담시키기 위해 마련되었습니다.
다만, 과세사업자라 하더라도 부가가치세법에 따라 매입세액이 공제되지 않는 특정 용역을 공급받는 경우에는 예외적으로 대리납부 의무가 발생할 수 있습니다.
대리납부 의무자는 대가 지급일이 속하는 과세기간의 신고기한 내에 부가가치세 대리납부 신고서와 함께 대리납부 세액을 관할 세무서에 신고하고 납부해야 합니다.