펀드 외국납부세액공제 제도가 변경된 주된 이유는 2023년부터 시행된 금융투자소득 도입에 따른 조세특례 재설계입니다.
기존에는 펀드 운용사가 투자자를 대신하여 외국납부세액을 처리하고 환급받는 방식이었으나, 2025년 1월 1일부터는 투자자가 직접 외국납부세액공제를 신청해야 하는 방식으로 변경되었습니다. 이는 이중과세를 방지하기 위한 외국납부세액공제 제도의 취지를 살리면서도, 투자자별로 실제 납부한 세액을 정확히 반영하기 위한 조치로 볼 수 있습니다.
또한, 투자신탁이 투자자에게 소득을 지급할 때 외국납부세액을 차감하여 원천징수하는 방식으로 변경될 예정이나, 과세소득 확정 시점과 배당 지급 시점의 불일치로 인해 원천징수 과정에서 혼란이 예상되기도 합니다.