미납된 세금이 있는 경우, 종합소득세 환급금은 미납된 세금을 충당하는 데 우선 사용됩니다. 환급금에서 미납 세금을 우선 공제하고 남은 금액이 있다면 해당 금액이 납세자에게 지급됩니다. 만약 미납된 세금이 환급금보다 많거나, 환급금 지급 요건을 충족하지 못하는 경우에는 환급이 이루어지지 않을 수 있습니다.
또한, 환급금 지급 결정일로부터 5년이 경과할 때까지 찾아가지 않은 환급금은 국고로 귀속될 수 있습니다. 따라서 환급금을 받으실 권리가 있다면 5년 이내에 지급을 요구하셔야 합니다.