딸이 장애인 시설로 입소하여 세대 분리를 하더라도, 이미 차량 등록 후 3년이 경과하였으므로 취득세 및 자동차세에 대한 감면 혜택은 유지될 것으로 보입니다. 일반적으로 취득세와 자동차세는 차량 등록 후 1년 이내에 세대 분리 시 감면받은 세액이 추징될 수 있으나, 질문자님의 경우 의무 보유 기간인 1년이 지났기 때문입니다.
다만, 개별소비세의 경우 의무 보유 기간이 5년이므로, 세대 분리 시 추징될 가능성이 있습니다. 또한, 사망, 혼인, 해외 이민 등 불가피한 사유로 인한 세대 분리는 예외로 인정될 수 있습니다. 정확한 내용은 관할 구청 또는 세무서에 문의하시는 것이 가장 좋습니다.