종합소득세 신고 시 이월결손금은 원칙적으로 임의로 조정하거나 선택적으로 반영할 수 없습니다. 사업장을 여러 개 운영하는 경우 모든 사업장의 소득을 합산하여 결손금을 공제해야 하며, 이월결손금이 있다면 해당 연도의 소득에서 최대한 공제하는 것이 원칙입니다.
다만, 종합과세 대상인 배당소득이나 이자소득 중 기본세율을 적용받는 부분에 대해서는 해당 소득 금액 범위 내에서 결손금 및 이월결손금의 공제 여부와 공제 금액을 선택적으로 반영할 수 있는 예외가 있습니다.
또한, 장부를 작성하지 않고 추계신고를 하는 경우에는 이월결손금 공제를 반영할 수 없습니다.