인감증명서 발급 수수료는 국가나 지방자치단체가 제공하는 행정 서비스에 대한 수수료이므로, 이를 결제할 때 부담한 금액에는 부가가치세가 포함되어 있지 않아 매입세액 공제를 받을 수 없습니다.
부가가치세 매입세액 공제는 사업자가 과세사업을 위해 재화나 용역을 공급받고, 그 대가에 포함된 부가가치세를 부담한 경우에만 가능합니다. 인감증명서 발급 수수료는 부가가치세 과세 대상이 아닌 행정 수수료이므로, 신용카드로 결제하더라도 매입세액 공제 대상인 '부가가치세액' 자체가 존재하지 않습니다.