취득세가 비과세되거나 감면되어 납부할 세액이 없는 경우에는 원칙적으로 등록면허세 납세의무가 발생하지 않습니다.
등록면허세는 재산권의 등기·등록 행위 자체에 부과하는 세금이지만, 취득을 원인으로 하는 등기·등록은 취득세에 포함되어 과세되는 것이 원칙입니다. 따라서 취득세가 비과세·감면 적용 대상이 되어 납부할 세액이 없는 경우에는 해당 등기·등록이 등록면허세 과세대상인 '등록'에 해당하지 않는 것으로 보아 등록면허세를 부과하지 않습니다.
다만, 이는 취득세가 면제되는 경우에 대한 일반적인 해석이며, 등기·등록의 구체적인 성격이나 관련 법령의 개별 규정에 따라 예외가 있을 수 있으므로, 실제 등기 시에는 관할 지방자치단체의 세무 담당 부서에 해당 등기 건이 등록면허세 과세대상인지 여부를 확인하시는 것이 가장 정확합니다.