비료 판매 시 영세율이 적용되지 않는 대표적인 경우는 비료를 농민이 아닌 다른 판매 사업자에게 공급하는 경우입니다. 조세특례제한법상 영세율은 농민 또는 임업에 종사하는 자가 직접 사용할 목적으로 기자재를 공급받는 경우에 적용되므로, 이를 재판매할 목적으로 구입하는 사업자에게 공급할 때는 일반적인 부가가치세가 과세됩니다.
또한, 다음과 같은 경우에도 영세율을 적용받을 수 없습니다.
따라서 비료 판매 시 영세율을 적용받기 위해서는 공급받는 자가 농민(또는 농업협동조합 등)인지, 공급하는 물품이 비료관리법상 비료에 해당하는지, 그리고 최종 사용 목적이 농업용인지 여부를 반드시 확인해야 합니다.