한의원에서 판매하는 공진단은 부가가치세가 면제되는 의료보건용역에 해당하지 않으며, 원칙적으로 부가가치세가 과세되는 재화의 공급으로 봅니다.
부가가치세법상 면세되는 의료보건용역은 의사, 한의사 등이 제공하는 진료용역을 의미합니다. 그러나 한의원에서 처방에 따라 조제한 약제라 하더라도, 이를 진료용역의 일환으로 보지 않고 별도의 재화(의약품 등)를 판매하는 것으로 판단되는 경우에는 과세 대상이 됩니다. 특히 의약품의 단순 판매는 면세 대상에서 제외된다는 점을 유의해야 합니다.
따라서 한의원에서 공진단을 판매할 때는 해당 금액에 10%의 부가가치세를 포함하여 징수하고 신고·납부해야 할 의무가 있습니다. 다만, 구체적인 판매 방식이나 진료와의 연관성에 따라 세무상 판단이 달라질 수 있으므로, 정확한 처리를 위해서는 사업장 관할 세무서나 세무 전문가를 통해 확인하시는 것을 권장드립니다.