통합고용세액공제를 적용받은 기업에서 육아휴직자가 발생하더라도, 해당 근로자가 육아휴직 중이라는 사실만으로 즉시 공제받은 세액이 추징되거나 당해 연도 공제가 불가능해지는 것은 아닙니다.
다만, 통합고용세액공제는 전체 상시근로자 수의 유지 및 증가를 전제로 하는 제도이므로, 육아휴직자 발생이 전체 상시근로자 수 계산에 미치는 영향과 사후관리 요건을 확인해야 합니다.
통합고용세액공제 적용을 위한 상시근로자 수 계산 시, 육아휴직자는 원칙적으로 상시근로자 수에서 제외됩니다. 따라서 육아휴직자가 발생하면 해당 기업의 전체 상시근로자 수가 감소할 수 있으며, 이는 당해 연도 공제 가능 여부 및 사후관리 판단의 기준이 됩니다.
통합고용세액공제는 최초 공제받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 전체 상시근로자 수가 최초 공제받은 과세연도보다 감소하는 경우, 감소한 과세연도부터 공제를 적용하지 않으며 기 공제받은 세액 상당액을 납부(추징)해야 합니다.
