면세사업자가 발행한 세금계산서는 부가가치세가 과세되지 않는 재화나 용역에 대한 것이므로, 해당 세금계산서에 기재된 매입세액은 부가가치세 신고 시 매출세액에서 공제할 수 없습니다. 다만, 면세사업자가 과세되는 재화나 용역을 공급받고 과세거래로 오인하여 부가가치세를 부담하고 발급받은 세금계산서의 매입세액도 공제되지 않습니다.