국세청과 홈택스는 같은 기관이 아니라, 국세청은 세무행정을 하는 기관이고 홈택스는 세금 업무를 온라인으로 처리하는 서비스입니다.
국세청과 세무서는 세금을 부과·징수하고 신고 내용을 확인하며 납세자 권리를 보호하는 일을 합니다. 국세청은 납세자 권리보호 업무를 총괄하고, 세무서와 지방국세청에도 담당자를 두도록 정해져 있습니다(국세기본법 제81조의16).
홈택스는 세무서를 직접 방문하지 않고 여러 세금 업무를 처리할 수 있는 전자 서비스입니다. 예를 들어 세금 신고·납부, 민원증명 발급, 신고·납부 내역 조회 등을 할 수 있습니다. 즉, 홈택스에서 신고서를 제출해도 세무행정 자체를 하는 주체는 국세청과 관할 세무서입니다.
업무를 처리할 때는 다음처럼 구분하시면 됩니다.
따라서 홈택스는 국세청 업무를 온라인으로 이용하는 창구이지, 국세청과 별도로 세금을 결정하는 기관은 아닙니다.