개인사업자는 근로소득자가 아니므로 일반적인 연말정산 대상이 아닙니다. 개인사업자는 매년 5월에 종합소득세 신고를 통해 소득을 확정하고 세금을 납부합니다. 다만, 개인사업자 중 직장가입자로서 건강보험료를 납부하는 경우, 건강보험료 연말정산은 다음 해 2월(개인대표자는 5월)에 사업장에서 확정된 소득을 기준으로 전년도 보험료를 다시 산정하여 4월분(개인대표자는 6월) 보험료에 추가 징수 또는 반환하는 절차로 이루어집니다.