법인 대표 급여를 지점에서 지급하면, 해당 지점은 급여액에 대해 원천세를 계산·원천징수하고 원천징수 영수증을 발행해야 합니다. 원칙적으로는 각 지점이 관할 세무서에 직접 납부하지만, 독립채산제로 회계가 별도 운영되는 경우 본점에 ‘원천징수세액 본점일괄납부신청서’를 제출하면 본점(주사무소)에서 일괄 납부할 수 있습니다. 신청서는 원천세액이 발생한 달 말일부터 1개월 이내에 본점 관할 세무서장에게 제출하고, 본점은 ‘원천징수세액 본점일괄납부신고서(법인세법 시행규칙 별지 제62호의2)’를 사용해 신고·납부합니다.