세금계산서를 지연 발급한 경우에는 그 공급가액의 1%를 가산세로 부과합니다(부가가치세법 제60조 제2항 제1호). 수정세금계산서를 발행한다 하더라도 지연 발급에 대한 가산세는 면제되지 않으며, 이미 부과된 가산세는 원래 발급한 세금계산서의 금액을 기준으로 산정됩니다. 따라서 100만원짜리 세금계산서를 지연 발급한 경우, 가산세는 100만원 × 1% = 1만원이며, 이후 금액을 1천만원으로 수정하더라도 기존 가산세는 1만원으로 유지됩니다. 다만, 수정세금계산서 자체가 다시 지연 발급되는 경우에는 그 수정액에 대해서도 별도의 지연발급 가산세가 추가로 부과될 수 있습니다.